Die Person Eduard von der Heydt wurde und wird wegen seines Handelns während der Zeit des Nationalsozialismus heute oft kritisch wahrgenommen. Er war von Herkunft und Gesinnung her national-konservativ. 1926 trat er dem monarchistischen Verband „Der Stahlhelm“ bei. Nach der „Gleichschaltung“ des „Stahlhelms“ 1933 lag eine Mitgliedschaft in der NSDAP nahe, deren Auslandsorganisation er beitrat. Von der Heydt sah in Adolf Hitler und seiner Partei anfänglich eine Chance, die national-konservativen Kräfte in Deutschland zu stärken. Es ist überliefert, dass er ideologisch vom Nationalsozialismus nicht überzeugt und 1934 auch persönlich enttäuscht war. Dennoch blieb er angepasst und distanzierte sich nicht öffentlich vom Regime.
Eduard von der Heydt wurde 1937 Schweizer Bürger und verlor die deutsche Staatsangehörigkeit. Ebenso wurde er aus der NSDAP ausgeschlossen. Dagegen wehrte er sich erfolgreich und er konnte „gesichtswahrend“ austreten.
Bis 1943 war Eduard von der Heydt im Aufsichtsrat der August Thyssen-Bank tätig. Er hatte diese Bank 1925 in Berlin selbst gegründet. Sie konnte nur durch die Übernahme durch die Thyssen-Brüder 1930 finanziell gerettet werden.
Die Bank stand dem Nationalsozialismus nahe und pflegte Beziehungen zum militärischen Nachrichtendienst „Abwehr“. Von der Heydt führte in seiner Funktion Finanztransaktionen für die Abwehr aus. Nachdem er im Oktober 1943 von der Schweizerischen Bundespolizei aufgrund von Hinweisen der amerikanischen Behörde verhört worden war, trat er im November aus dem Aufsichtsrat der Thyssen-Bank zurück.
1946 wurde gegen Eduard von der Heydt ein militärgerichtlicher Strafprozess eröffnet.
Es ging um die Zahlungen der Thyssen-Bank an den deutschen militärischen Nachrichtendienst. 1948 wurde er aus Mangel an Beweisen freigesprochen. Heute ist klar, dass von der Heydt gewusst haben musste, für wen die Gelder bestimmt waren. Diese Handlungen und der Freispruch werfen einen Schatten auf von der Heydts Leben, und der Makel des Opportunisten bleibt an ihm haften.
